وفي سنة 1071هـ/1660م، أنشئت إيالة صيدا، التي تتألف من سناجق صيدا وبيروت وصفد، بعد أن سلخت من ولاية الشام. ويرجح أسباب إنشاء إيالة صيدا، إلى الحد من سلطة ولاة الشام خوفاً من أتساع نفوذهم من ناحية، وإلى حرص الدولة العثمانية على مراقبة أمراء جبل لبنان من ناحية ثانية. وذلك بصورة أقوى فاعلية بعد محاولة الأمير فخر الدين المعني الثاني إقامة مالك مستقل له. وبذلك أصبحت سوريا مقسمة إلى أربع ولايات هي: الشام وحلب وطرابلس وصيدا. وأصبحت بيروت تتبع صيدا حيناً والشام أحياناً. وكان علي آغا الدفتردار أول من تولى إيالة صيدا، وفي أيامه وقعت فتنة عظيمة بينه وبين مشايخ المتاولة، وفي سنة 1072هـ/1661م، طلب مالاً من ناظر كنيسة مار جرجس في بيروت فرفض طلبه، فأمر أن تصير الكنيسة جامعاً وبنى لها مئذنة، وسُميت مقام الخضر.
ثم عزل علي آغا الدفتردار عن إيالة صيدا التي تضم بيروت سنة 1073هـ/1662م، فتولاها محمد باشا الأرناؤوط والي طرابلس. وكان أول قنصل فرنسي يُعيّن في بيروت سنة 1073هـ/1662م، هو أبو نوفل بن أبي نادر الخازن، وهو من أصل لبناني، أنعم عليه لويس الرابع عشر بالجنسية الفرنسية.
وفي سنة 1075هـ/1664م، جرت في بيروت عند الغلغول، وقعة بين القيسية واليمنية انهزمت فيها اليمنية إلى دمشق. واشتدت الحالة على بلاد الشام في هذه السنة بسبب الطاعون المنتشر في أرجائها، والذي أتى على بيوت كثيرة، وأمات جميع سكانها. وقد تولى إسماعيل باشا بيروت سنة 1675م، ثم محمد باشا سنة 1677م، وخليل باشا بن كيوان سنة 1679، ثم تولاها محمد باشا سنة 1680، ومصطفى باشا سنة 1692م، وحسين باشا سنة 1697م.
وعندما بدأ القرن الثاني عشر الهجري/ أواخر القرن السابع عشر الميلادي، كان عبدون باشا والي صيدا التي تضم بيروت، يوغل في مظالمه، وجعفر باشا والي دمشق، وكان الوالي أو الدفتردار يضطر إلى سلب مال الأهالي أو يستغلهم لصالحه، حتى يسترد الأموال التي دفعتها، مما يؤدي إلى الظلم والاستبداد.
وبموت الأمير أحمد بن معن، سنة 1108هـ/1697م، دون أن ينجب أبناً ذكراً، انقرضت الدولة المعنية، وأنتقل الحكم للأسرة الشهابية.